En el futuro alternativo es el único guerrero Z que queda. Fue entrenado por Gohan y logra convertise en super saiyajin al ver a Gohan asesinado por los temibles androides #17 y #18. Viaja al pasado para prevenir a los guerreros Z de los temibles androides para evitar la destrucción de la Tierra.  Derrota al malvado de Feezer y su padre.

Cuando llega Goku a la Tierra, Trunks lo pone a prueba para comprobar si lo que le había dicho de Goku era cierto, y lo comprueba. Le cuenta a Goku lo que pasará en 3 años, le dice que es hijo de Vegeta y Bulma y le da la medicina para la enfermedad del corazón que le ocasionó la muerte a Goku en el futuro alternativo. Trunks vuelve al futuro, y regresa al pasado luego de los 3 años para ayudar a los guerreros Z a destruir a los androides.

Cuando Trunks regresa se da cuenta que la historia cambió, que esos no son los androides de los que él les había hablado. No podría evitar que el Dr. Gero despertara a los temibles androides #17 y #18.  Logra encontrar los planos para crear un control para destuir a los androides #17 y #18 que el Dr. Gero había creado en caso de emergencia. Junto a Krilin destuye el embrión del Cell que se estaba formando en ésa época.

Entrenaría junto a su padre Vegeta en la habitación del tiempo y lograría superar el poder del Super Saiyajin, pero no podría evitar que Cell absorbiera a #18. Se enfrentaría a Cell en su forma perfecta, pero Trunks con un gran poder, y una debilidad no logra derrotar a Cell.

Regresa a la habitación del tiempo y participa en el Torneo de Cell, enfrentandose a los cell Jrs. Es asesinado por Cell, cuando éste regresa de la exploción en el Planeta del Kaiosama del Norte. Luego que Gohan derrota a Cell con sus poderes, Trunks es revivido con la ayuda de las esferas del dragón.

Trunks regresa a tu tiempo con la máquina del tiempo para destruir a los androides que amenazan su tiempo. Logra destruir a los androides con mucha facilidad y cuando pensaba regresar al pasado, recuerda que todavía le falta un individuo por eliminar,  Cell. Trunks logra destruir a Cell. Regresa al pasado y les dice a los guerreros Z que ya acabó con los androides. Luego de esto, regresa al futuro alternativo.